Choć dzieje miasta Supraśl liczą ponad 500 lat i od początku ściśle związane były bogatą historią chrześcijan na tych ziemiach, to Parafia Rzymskokatolicka pw. Świętej Trójcy w Supraślu utworzona została dopiero w 1906 r. Wcześniej świątynia nasza była kaplicą, a później kościołem filialnym białostockiej parafii pw. Wniebowzięcia NMP.  Początki supraskiego kościoła związane są z jednej strony z dynamicznym rozwojem miasta i powstawaniem tu kolejnych fabryk sukna, z drugiej zaś - z dokonaną w 1839 r. przez władze carskie kasatą Unii Brzeskiej. Na mocy tego dekretu greckokatolicki Klasztor Zakonu Bazylianów w Supraślu, w którym przez ponad sto lat odbywały się nabożeństwa w obrządku unickim i katolickim, władze carskie przekazały Cerkwi prawosławnej. Na skutek tego supraska ludność katolicka pozbawiona miejsca sprawowania kultu Bożego. Posługa duszpasterska sprawowana była więc w domach prywatnych przez księży z Białegostoku i Wasilkowa. Przedłużający się taki stan skłonił miejscową i nowo przybyłą ludność do ubiegania się u władz carskich o pozwolenie na wybudowanie kościoła. Po długich zabiegach - dzięki wparciu niemieckich katolików - w roku 1849 Supraśl otrzymał pozwolenie na wystawienie świątyni katolickiej. Wybudowano ją w latach 1861-63 na planie prostokąta jako kościół jednonawowy pod wezwaniem Świętej Trójcy. Kościół ten pięć lat czekał na możliwość odprawiania w nim nabożeństw. Władze carskie w ramach represji związanych z wybuchem powstania styczniowego nie zgadzały się na sprawowanie w nim kultu Bożego, a nawet zamierzały odebrać go wiernym. Jedynie osobiste zaangażowanie niemieckiego fabrykanta Alfonsa Alta i jego interwencja u gubernatora carskiego oraz przedstawicieli rządów Austrii i Prus w Patersburgu, powstrzymały władze przed realizacja tych zamierzeń. Nie zgodziły się one jednak na objęcie parafii przez polskiego księdza i sprawowanie nabożeństw w języku polskim. Pierwszym więc duszpasterzem rodzącej się parafii był przybyły z niemieckiej Bawarii – ks. Gustaw Bayen. Nie piastował on tej godności długo, gdyż za obronę prześladowanych unitów został aresztowany i wydalony z Supraśla. Kolejnymi duszpasterzami supraskiego kościoła byli już jednak Polacy. Supraska świątynia najpierw w wykazach figurowała jako kaplica, a od 1868 r. jako filia parafii Białystok. Ponieważ władze carskie nie pozwalały na utworzenie tu parafii, filia w Supraślu praktycznie była ośrodkiem parafialnym, choć pełne prawa parafii uzyskał dopiero w 1906 r. W 1902 r. kościół rozbudowano dodając także wieżę.  

Supraska parafia pw. Świętej Trójcy dekretem Księdza Arcybiskupa Wojciecha Ziemby, ówczesnego Metropolity Białostockiego z dnia 1 lipca 2005 r. została podzielona i utworzono z niej części odrębną parafię pw. NMP Królowej Polski w Supraślu. Obecnie w skład naszej parafii należy połowa mieszkańców Supraśla i wierni mieszkający w Zasadach, Kołodnie, Cieliczance, Nowosiółkach i Leśniczówce Krasny Las.